从明代缪希雍《本草经疏》起，明清在药物理论探讨上出现了新的变更，其中有言本草必宗《本经》的尊经派，着力阐发《神农本草经》的药物机理；有致力于《神农本草经》原文的辑复工作的；还有以张仲景所用药物为研究对象，注疏“经方”药物的。这种尊经复古倾向的产生与清代整个医学界的复古思潮有关，与清政府禁固思想文化而产生的乾嘉考据学风也有关。

　　1、注疏《神农本草经》药物为主的本草著作

　　《本草祟原》为张志聪的未完稿，经其门人高士继续完成。他们从药物生成、形色性味及与病因病机之间的关系入手分析药理，切于实际，通俗易晓。

　　清代中叶另有姚球撰有《本草经解要》一书，论药着重在“药与症相应”。把药物气味功效与人体脏腑功能紧密结合，与《本草祟原》殊途同归。

　　乾隆年间著名医家除大椿撰集了《神农本草经百种录》，从辨药物之形气监督来探讨药性，研讨精深，多有新意。他针对当时一些不明药性、滥用药品的时弊予以抨击。

　　陈修园撰写《神农本草经读》时常结合张仲景用药法，并结合自身丰富的临床经验，颇有建树。综上各家的共同特点都是在理论上尊经崇古，但由于以上著作多出于临床经验丰富的名医之手，故有不少宝贵的用药经验体会，颇有新的见地，所以流传较广。

　　2、对《神农本革经》等的辑复工作

　　《神农本草经》的辑佚始于南宋，至明代有卢复辑佚本。清代受考据学的直接影响，一些经学家把其余力用在本草著作上，出现了一股小小的辑佚热潮，孙星衍、孙冯翼所辑《神农本草经》医学|教育网搜集整理是各种辑佚本中较突出的一部。孙星衍是清代著名考据学家，孙冯翼是他的学生，仰仗他们渊博的学识、丰富的资料和严谨的学风，二孙辑本受到广泛重视，多次翻刻，影响较大。此后顾观光在《神农本草经》药物校勘和考证方面下了一定功夫，辑为新的本子，但其编排次序取自《本草纲目》所列《本经》目录，未为允当。

　　此外清代对《吴普本草》、《雷公炮炙论》、《新修本草》都作了初步辑复工作。

　　3、注疏经方药物为主的本草著作

　　清代部分尊经复古者专门讨论《伤寒论》、《金匮要略》两部经典中的药物黄元御《长沙药解》，取张仲景方书中161味药，探讨张仲景治病用药机理。其特点是将论病与用药议方结合起来，间附个人见解，对当时医学中的流弊也多加针砭。

　　邹澍将张仲景所用173味药予以疏证，编成《本经疏证》。该书将药物分为三品，除注疏药性外，还在毒药下论述了药物基原，其特点是结合个人体会，把药、方、病结合起来论述。

　　此外还有周岩《本草恩辨录》吴槐绶《南阳药证汇解》和田伯良《神农本草经原文药性增解》也都着眼于张仲景用药法的研究。