关于颈淋巴结结核：在古代以其病发特征曾命名为鼠疮，或名瘰疬，如祁坤所述：“小者如瘰，大者如疬，连续如贯珠者”。同时，祁坤还对该病与急性淋巴结炎的鉴别诊断和不同治疗原则提出了正确的意见，他说：疬由内伤所致，其形小，其发缓，无疼痛，计以月年。毒由外感所致，其形大，其发暴，多肿痛。“
关于前臂骨关节结核：祁坤按该病之特征命名为“蝼蛄串”。医学|教育网搜集整理对骨关节结核的好发部位、典型症状及预后等均作了比较正确的描述。
关于直肠癌：祁坤在前人基础上对直肠癌症状描述和诊断要点作出了相当确切的记载，并以其最终发展成为大便不能排出而命名为“锁肛痔”，或以其形态称之为“翻花痔”等。他指出：“痔有三不医，为翻花痔、锁肛痔、脏痈痔也”。这些认识在当时确系正确的结论。
