TPN使用的最大威慑是出现一种或多种并发症。采用营养支持组的方法后，并发症可降至5%以下。并发症可以是代谢性的——与营养配方有关，也可以是非代谢性的——由输注技术失误所致。
代谢性并发症包括高糖血症和高渗透压，可通过周密监测和使用胰岛素而避免。突然停止输入浓度恒定的葡萄糖会促使低糖血症的发生。治疗方法是在恢复中心静脉补给之前，先由外周输入5%～10%葡萄糖液达24小时。血清电解质和矿物质的异常情况，应在症状和体征出现之前即通过监测予以查明。对此情况的处理在于适当修改此后的输液配方，如需进行紧急纠正时，可进行适当的外周静脉输注。维生素及微量元素缺乏多发生于长期进行全胃肠外营养期间。血尿素氮升高也常出现在TPN期间，并可由高渗脱水引起，而这种高渗脱水通过外周静脉大量补给5%葡萄糖即可纠正。血氨过多对新近获得氨基酸溶液的成人来说并不成为一个问题。婴儿的体征则包括嗜眠，抽搐及全身性癫痫发作，纠正的方法是补给总量为每天每公斤体重0.5～1.0mmol的精氨酸。某些病人因长期进行TPN可出现严重的关节周围痛，下肢痛和背痛，这种代谢性骨疾病与血清1，25(OH)2D3过低有关。暂时或永久性停止进行TPN是已知的唯一治疗方法。医学教育`网搜集整理由转氨酶，胆红素和碱性磷酸酶升高证明的肝功能不良在开始进行TPN时是常见的，不过这种升高通常短暂，通过定期检测可查出。迟发或持续升高可能与输注氨基酸有关，因此蛋白质的补给应减少。肝肿大疼痛则表明有脂肪蓄积，应减少碳水化物的补给量。对脂肪乳剂产生的不良反应并不常见，但是由于呼吸困难，皮肤过敏现象，恶心，头痛，背痛，出汗和头晕等不良反应可出现在早期。一时性血脂过多可以发生，在肾，肝功能衰竭时尤为常见。对脂肪乳剂的迟发性不良反应包括肝脾肿大，肝酶轻度增高，血小板减少，白细胞减少以及肺功能检查有改变，特别是患有呼吸窘迫综合征的早产儿。暂时或永久性停止输入脂肪乳剂可能是需要的。
非代谢性并发症中，最常见的是气胸和血肿形成，但其他结构的损伤和空气栓塞也已有报道。输入TPN溶液前，必须时刻利用胸部X线检查以确保导管尖端正确插入上腔静脉腔。与中心导管安放有关的并发症应低于5%，血栓栓塞及由导管引起的败血症是TPN治疗最常见的严重并发症。比较常见的是金黄色葡萄球菌，念珠菌属菌种，肺炎杆菌，绿脓杆菌，白色葡萄球菌及肠杆菌。进行TPN期间出现发热时，应作全身检查。如查不出其他原因而体温仍持续升高达24～48小时以上，中心导管输液就应停止。取出导管时，应将导管尖端2～3吋处用消毒手术刀或剪刀剪断，并将其放入一个干燥的无菌培养管送去进行细菌和真菌培养。随着每天能量需求的增多而必须增加液量时，可能会出现液量超负荷的情况。应每天检查体重，如体重增加每天高于230g时，则表明有液量超负荷情况存在，此时每天的输液量应减少。
