影响传染病流行过程的自然因素很多，其中最明显的是气候因素与地理因素。

　　气候因素不仅对人群活动、动物宿主和媒介昆虫的孳生繁殖有明显影响，而且对环境中的游离性病原体的存活时间也有作用。有流行病学意义的气候因素包括气温、降水量、湿度、风速与风向等。气候因素对虫媒传染病及动物源性传染病的影响最大，如气温、湿度和雨量对疟疾、流行性乙型脑炎的流行明显相关。因为这些气候因素对蚊媒孳生繁殖及病原体（疟原虫）在蚊体内增殖和生活周期有直接影响。夏秋季节暴雨引起洪水泛滥，居民与带有钩端螺旋体的猪、鼠粪尿污染的水体接触，而导致钩端螺旋体病爆发，例如，60年代初我国某些地区在洪水之后出现的成批的“无名高热”、“病因不明的视力减退症”患者，经过调查，证实多半与洪水泛滥时居民与含有钩端螺旋体的“疫水”接触所致；医.学教育网搜集整理饮用被污染的水源而引起肠道传染病流行。如1993年春，美国威斯康星州密尔沃基市，由于自来水被污染而发生空前规模的隐孢子虫病水型流行，据报道有403000人发病，近4400人住院治疗。也有报道，雨量对湖洼地区野鼠型流行性出血热发生与流行相关。风可作为传染病病原体和昆媒传播的载体，故风向、风速对某些传染病的传播和分布也颇有影响。

　　地理因素对传染病流行很有影响，例如，我国嗜盐菌食物中毒多见于沿海地区；血吸虫病分布于我国南方13个省、市、区；由于血吸虫的生活史诸环节都在有水的条件下完成，故此病为沿水系地理分布。丝虫病在我国未基本消灭之前，主要分布在黄河之南15个省、市、区。而且不同丝虫虫种（班氏与马来丝虫）的地理分布也很有差异。