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营养不良可使儿童的胸腺退化，淋巴器官中淋巴细胞减少，同时细胞免疫下降。而另一方面，体液却无明显改变。由于上述不正常情况，营养不良儿童对疫苗激发的细胞免疫反应可能受到一定程度的影响，例如卡介苗。然而，医学教|育网搜集整理对疫苗的抗体合成则十分正常。如儿童严重营养不良，则伴有细胞免疫缺陷，所以对某些活疫苗可能耐受性较差。但WHO对麻疹疫苗、卡介苗、脊髓灰质炎疫苗和百日破疫苗并未将营养不良儿童列入禁忌症。
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