纳豆虽好，但也不是人人都适合食用。纳豆含有较高的蛋白质及嘌呤等物质，可诱发痛风、加重肾脏负担，患有嘌呤代谢紊乱的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者最好不要多吃；慢性肾功能不全的患者也不宜食用；手术后及伤口未愈合的病人不宜食用。另外，由于纳豆激酶不耐热，应尽可能不加热食用，可以把它当做调料拌着蔬菜吃。而且晚餐吃纳豆保健效果最好。
针对目前网络上关于纳豆甚至可以包治百病的宣传，专家指出，医学教`育网搜集整理纳豆虽然营养价值较高，但也不能替代药物。我国食品安全法也明令禁止保健食品声称具有治疗功效。对于心脑血管疾病患者而言，改变原有的生活方式和不合理的膳食结构，才是最重要的。
