牙本质的间质为矿化的间质，其中有很细的胶原纤维，主要为Ⅰ型胶原。纤维的排列大部分与牙表面平行而与牙本质小管垂直，彼此交织成网状。在冠部靠近釉质和根部靠近牙骨质最先形成的牙本质，胶原纤维的排列与小管平行，且与表面垂直，矿化均匀，镜下呈现不同的外观，在冠部者称罩牙本质，厚约10～15μm；在根部者称透明层。在罩牙本质和透明层以内的牙本质称髓周牙本质。
间质中羟磷灰石晶体比釉质中的小，这些晶体沉积于基质内，其长轴与胶原纤维平行。
间质中的矿化并不是均匀的，在下列不同区域其钙化程度不同：
1.小管周牙本质
在镜下观察牙本质的横剖磨片时，可清楚见到围绕成牙本质细胞突起周围的间质与其余部分不同医学教|育网搜集整理，呈环形的透明带，构成牙本质小管的壁，称为管周牙本质。管周牙本质钙化程度高，含胶原纤维少。
2.小管间牙本质
位于管周牙本质之间。其中胶原纤维较多，矿化较管周牙本质低。
3.前期牙本质
牙本质的形成是持续性的，在成牙本质细胞和矿化牙本质之间是一层未钙化的牙本质，称为前期牙本质。
