随着现代免疫学的发展，已证明在高等动物和人体内存在一组复杂的免疫系统。它的生理功能主要是识别区分“自己”与“非已”成分，并能破坏和排斥“非已”成分，而对“自己”成分则能开成免疫耐受，不发生排斥反应，以维持机体的自身免疫稳定。
免疫系统是由免疫器官、免疫细胞和免疫分子组成。免疫器官根据它们的作用，可分为中枢免疫器官和周围免疫器官。禽类的法氏囊（腔上囊）、哺乳类动物和人的胸腺和骨髓属于中枢免疫器官。骨髓是干细胞和B细胞发育分化的场所，法氏囊是禽类B细胞发育分化的器官。胸腺是T细胞发育分化的器官。脾和全身淋巴结是周围免疫器官，它们是成熟T和B细胞定居的部位，也是发生免疫应答的场所。此外，粘膜免疫系统和皮肤免疫系统也是重要的局部免疫组织。
免疫细胞的广义的概念可包括造血干细胞、淋巴细胞系、单核吞噬细胞系、粒细胞系、红细胞以及肥大细胞和血小板等。
免疫分子可包括免疫细胞膜分子，如抗原识别受体分子、分化抗原分子、主要组织相容性分子以及一些其它受体分子等。也包括由免疫细胞和非免疫细胞合面和分泌的分子，如免疫球蛋白分子、补体分子以及细胞因子等。
表 免疫系统的组织结构
| 免疫器官 | 免疫细胞 | 免疫分子 |
| 中枢 | 周围 | 膜型分子 | 分泌型分子 |
| 法氏囊 （禽类） | 脾 淋巴结 | 干细胞系 淋巴细胞系 | T细胞抗原 识别受体（TCR） | 免疫球蛋白分子 （Ig分子） |
| 胸腺 | 粘膜免疫系统 | 单核吞细胞系 | B细胞抗原 识别受体（BCR） | 补体分子 （C分子） |
| 骨髓 | 皮肤免疫系统 | 其它免疫细胞 | 白细胞分化抗原（CD分子） 主要组织相容性分子（MHC分子） 其它受体分子 | 细胞因子（CKs） |
