全科主治医师考试的合格标准为每科目达到60分。考试共有四个科目，每个科目的满分为100分。所有4个科目在连续的两个考试年度内全部合格（即每个科目成绩均达到或超过60分）者，可以申请该级专业技术资格。
这意味着考生需要在规定的两年有效期内通过所有四个科目的考试，每个科目单独计算，只要单科成绩达到了60分即为该科目合格。如果一个科目未能通过，可以在下一年度重新参加该科目的考试，但需要注意的是，必须在两年的时间框架内完成所有科目的合格要求，否则之前的成绩将失效。
此合格分数线是全国统一的标准，但对于某些地区，省、自治区、直辖市卫生健康部门可能会根据当地实际情况会同人力资源社会保障部门确定本地区的具体合格标准。因此，考生应关注所在考区的具体通知和要求。
