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一些结石或肿瘤以外的疾病也可引起肝外胆管阻塞。其中以手术所致的胆道损伤最常见。腹腔镜下胆囊切除术增加了胆道损伤的可能性。慢性胰腺炎所致的胰腺腺体纤维化可使胰头部胆总管狭窄。胆总管囊肿或邻近的胰腺假性囊肿压迫胆管壁可造成胆管外压性阻塞，但这很罕见。原发性硬化性胆管炎可导致肝外胆管狭窄，但其肝内胆管狭窄亦可很显著。在东南亚地区，肝吸虫是阻塞性黄疸的重要原因，可引起肝内胆管炎，近端胆汁淤积，结石形成和胆管炎。蛔虫作为一种寄生虫，有时可移行至胆总管，引起胆管阻塞（参见蛔虫病）。

AIDS相关的胆管病或胆管炎已在HIV阳性患者中被描述，腹痛和肝功能检查异常提示胆管阻塞。直接胆管造影常发现肝内，肝外胆管异常，其近似于原发性胆汁性肝硬化或乳头狭窄。该病的病因被认为是感染。病原体包括巨细胞病毒，隐孢子虫和最近发现的微孢子虫。

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