基本损害一般为直径<6mm的斑疹、丘疹、结节，疣状或乳头状，多为圆形，常对称分布，界限清楚，边缘规则，色泽均匀。数目多少不等，单个、数个甚至数十个，有些损害处可有一根至树根短而粗的黑毛。由于痣细胞的色素含量不同，临床上可呈棕色、褐色、蓝黑色、黑色或正常肤色、淡黄色、暗红色。日晒可增加暴露部位色素痣的数量。根据痣细胞的分布部位，分为交界痣、皮内痣和混合痣。
1.交界痣
出生时即有，或出生后不久发生，通常较小，直径1～6mm，平滑，无毛，扁平或略高出皮面，淡褐色至深褐色斑疹。身体任何部位都可以发生。
2.混合痣
外观类似交界痣，但可能更高起，有时有毛发穿出，多见于儿童和少年。
3.皮内痣
成人常见，呈半球形隆起的丘疹或结节，直径数毫米至数厘米，表面光滑或呈乳头状，或有蒂，可含有毛发。皮内痣一般不增大。多见于头颈部。
色素痣不稳定，常经历成熟至衰老的生长演化过程。痣开始时多为小而平的交界痣，以后大多发展为混合痣，最后变为皮内痣。
交界痣恶变时，局部常有轻度疼痛。灼热和刺痛，边缘处出现卫星小点，如突然增大、颜色加深、有炎症反应，破溃或出血时，要提高警惕。
