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先天性感染的复发是由包囊因某种原因破裂引起。后天获得性感染的病原体在宿主胃肠道自包囊体或卵囊释出，医学教育|网搜集并在胃肠黏膜内繁殖，滋养体经血流或淋巴播散并可感染宿主任何有核细胞。若宿主免疫力低下，则持续感染并引起局部或全身性损害。若宿主免疫功能良好，则形成包囊体，呈隐匿性，无明显病变，但可使机体产生体液和细胞免疫反应。若因某种原因机体抵抗力下降，则引起包囊体、卵囊繁殖体扩散，导致急性感染的临床症状。
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