与基底核功能相关的疾病：
如上文所述，帕金森氏症，表现为运动迟缓，运动丧失和静止性震颤等症状，主要是由于黑质致密部的退化和随后的多巴胺能输出降低有关。多巴胺的减少造成了纹状体直接通路的抑制和间接通路的去抑制，进而导致基底核对丘脑的兴奋的丧失。与帕金森氏症几乎相对的一种疾病成为亨廷顿氏症，表现为异常的多余动作（舞蹈性震颤）以及协调缺乏等症状，是由于纹状体和苍白球的退化造成的。半侧投掷症，表现为反复的上肢运动（如投掷棒球），是由于丘脑下核的退化或损伤。丘脑下核作为间接通路的最后一级，其到兴奋内苍白球的作用。这种兴奋的确实导致内苍白球对丘脑的抑制作用减弱，进而导致了半侧投掷症中所见的冗余动作（多动症）。妥瑞氏综合症，表现为运动痉挛，注意力问题和口出秽语等症状，也被认为与基底核的兴奋和抑制作用的平衡丧失有关 . 目前被认为可能与基底核功能相关的疾病还包括张力失常（dystonia），痉挛性失声症和口吃等医学教育网搜'集整理
