北京大学药学院是全国重点药学院（系）之一，也是国家最早建立的高等药学院校之一，其前身是北京大学中药研究所，始建于1941年。在此基础上，1943年建立北京大学医学院药学系；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系；1985年随学校更名为北京医科大学药学院；2000年4月更名为北京大学药学院。曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学（医药）、药理学等专业，现设药学专业（六年制本硕连读）。药学专业于2007、2008年被批准为国家级、北京市级高等学校特色专业建设点，于2008年被批准为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”（简称理科基地）药学专业点。北京大学药学院是一个以培养研究型人才为目标的药学院。

药学院走过了半个多世纪的历程，在学科建设、师资培养、教学、科研等方面都得到巨大的发展。曾培养出一大批科学家，是国内外药学科学家培养的摇篮。至今药学院已有四名教授遴选院士，其中王序教授、王夔教授、张礼和教授为中国科学院院士，楼之岑教授为中国工程院院士。

1943-1945年刘思职教授任系主任，1945-1947年陈同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院长，1988-1999年张礼和教授任院长。1999-2004年彭师奇教授任院长；2004-2005年刘俊义教授任常务副院长；2005年-今，刘俊义教授任院长。

药学院由六系（化学生物学系，药物化学系，天然药物学系，药剂学系，分子与细胞药理学系，药事管理与临床药学系）、一室（天然药物及仿生药物国家重点实验室）、一所（应用药物研究所）、一中心（药学实验教学中心）组成。下设四个委员会：教学委员会、学术委员会、药物研究与开发委员会、对外合作交流委员会。

北京大学药学学科于2007年被认定为国家一级重点学科，在教育部2012年学科评估中排名第一，下有三个国家二级重点学科即药物化学、生药学及药理学，一个卫生部重点专科即临床药学和一个国家中医药管理局重点学科即中药分析学。药学学科是药学博士后流动站和“大药学”博士点，学院各二级学科均可招收博士生。学院现有7个硕士点、博士点即药物化学、生药学、药理学、药剂学、药物分析学、化学生物学、临床药学。学院在校各类学生1515人，其中博士研究生173人、统招硕士研究生251人、在职申请学位研究生30余人、六年制本硕连读学生636人、成人教育专升本学生454人。

学院注重师资队伍的建设工作，逐渐形成了一支以学识渊博、治学严谨的专家学者为核心的师资队伍，其中包括中国科学院院士2名，国家“973”计划项目首席科学家3名，“长江学者奖励计划”特聘教授3名，国家“青年入选者2人，中组部首批青年拔尖人才1人，国家杰出青年基金获得者6名，教育部创新团队4个，教育部跨世纪（新世纪）人才12名，国家优秀青年科学基金获得者4人，北京市科技新星计划入选者4人，全国优秀教师1名，北京市教学老师3名，北京市优秀教师8名。学院现有在职职工179名，其中教授（研究员）41名、副教授（副研究员）52名，博士生导师44名、硕士生导师54名，具有博士学位的教师105名，占专任教师总数的75.5%，具有硕士学位的教师27名，占专任教师总数的19.4%.

学院以创建大学为目标，进一步转变教育教学思想，更新“教与学”的观念，狠抓教育质量。学院为适应高等教育教学改革的发展和社会对高层次药学人才的需求，2001年经教育部批准，北京大学药学院在国内率先以大药学一级学科招收六年制学—硕连读学生，探索研究型药学人才培养的全新模式，学院提出并实践了药学专业六年一贯制、学—硕融通的研究型创新人才的培养模式，在课程体系、教学内容、教学组织形式、实践环节、学生思想建设等方面都进行了改革与创新，突破了旧有的模式，在教育教学上取得了显著成绩。近年来获国家级教学成果二等奖1项、北京市教学成果一等奖2项、北京市教学成果二等奖1项、教育部“全国普通高等学校优秀教材”二等奖1项、全国高等学校医药优秀教材二等奖1项，有7部教材被评为北京市高等教育精品教材，有1门课程被评为国家级精品资源共享课；药学实验教学中心被评为北京市高等学校实验教学示范中心和国家级实验教学示范中心建设单位；承担教育部新世纪高等教育教学改革工程项目1项、教育部世行贷款21世纪初高等教育教学改革项目医药类项目1项、国家“十五”重点立项课题子项目5项、北京市共建项目4项、中国高等教育学会‘十一五’教育科学研究规划课题5项、中国高等教育学会医学教育专业委员会药学教育研究会立项课题6项、北京市创新性实验计划1项、教育部创新性实验计划4项，并于2008年获准国家基础科学人才培养基金能力提高项目的资助。

学院的科学研究主要集中在“三大疾病”即心脑血管疾病、肿瘤、老年性疾病；以及在核酸、寡糖、多肽和微量元素“四大内源性物质”和天然药物等领域的基础研究。以国家重点实验室（天然药物及仿生药物国家重点实验室）为核心，重点学科（药物化学、生药学、药理学）为依托，在核酸化学、多肽化学、糖化学、生物无机化学等方面积累了较雄厚的基础，取得了国内领先、国际上有影响的成绩，有些学科和研究成果已达到国际水平。

目前学院承担着多项国家自然科学基金重大及重点项目、国家“973”计划项目、国家“863”计划项目、国家科技支撑计划项目、国家科技重大专项项目以及省部级科研项目，参与了“211工程”及“985工程”建设。学院近年获国家自然科学二等奖4项，省部级一等奖6项、二等奖23项、三等奖8项，其他奖20余项；近五年获得发明专利85项，发表研究论文1422篇（其中被SCI收录的950篇）。有1个抗肿瘤一类新药被SFDA批准进入II期临床研究，1个抗肿瘤的一类新药和1个抗癫痫的一类新药被SFDA批准进行临床研究。2009年以来，药学院积极面向国家重大需求，联合学校有关新药研发机构和企业，利用药学、基础医学、生命科学、化学、计算机科学等综合学科的优势和坚实的研究基础，整合北大优势资源，承担了国家“重大新药创制”科技重大专项课题“北京大学综合性创新药物研究开发技术大平台的建设”。构建从创新药物发现至新药研发整体环节，包括化学药、中药/天然药、生物技术药在内的创新药物发现与研发体系，以提高学院新药研究的自主创新能力，为国家实现从医药大国到医药强国的转变贡献力量医学教育网编辑整|理。

学院已建立药物筛选中心、核磁中心、液质中心、生物测试平台、普通化学测试平台等药学分析测试技术平台。拥有600M、500M、400M、300M核磁共振波谱仪、LC-MS液质联用仪、高分辨质谱测试仪、EPS-300型电子自旋共振波谱仪、等离子表面共振仪、计算机辅助药物设计工作站、毛细管电泳仪、全自动高通量药物筛选机器人工作站、高内涵筛选仪、全自动膜片钳系统、石英晶体微天平、全波长扫描式多功能读数仪，小动物成像仪等药物科学研究领域的大型测试仪器，为全校科研和教学提供技术保障，并向社会提供测试服务和专业技术培训。

药学院与国际国内科研院所、制药企业有着广泛的合作与交流。与美国、英国、法国、德国、日本、荷兰等国家及港、澳、台地区等十几所大学或公司建立了友好合作关系，聘请外籍名誉教授4名、客座教授12名，对内、对外交流的扩大和加深促进了药学院整体地位与水平的稳步提高。