抗菌药物临床应用管理办法对于医师在抗菌药物工作中的处罚情况，有如下说明：
第五十二条 医师有下列情形之一的，由县级以上卫生行政部门按照《执业医师法》第三十七条的有关规定，给予警告或者责令暂停六个月以上一年以下执业活动；情节严重的，吊销其执业证书；构成犯罪的，依法追究刑事责任：
（一）未按照本办法规定开具抗菌药物处方，造成严重后果的；
（二）使用未经国家药品监督管理部门批准的抗菌药物的；
（三）使用本机构抗菌药物供应目录以外的品种、医学教育网搜集|整理品规，造成严重后果的；
（四）违反本办法其他规定，造成严重后果的。
乡村医生有前款规定情形之一的，由县级卫生行政部门按照《乡村医师从业管理条例》第三十八条有关规定处理。
