抗菌药物临床应用管理办法中关于医疗机构处罚有如下规定：
第四十九条 医疗机构有下列情形之一的，由县级以上卫生行政部门责令限期改正；逾期不改的，进行通报批评，并给予警告；造成严重后果的，对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，给予处分：
（一）未建立抗菌药物管理组织机构或者未指定专（兼）职技术人员负责具体管理工作的；
（二）未建立抗菌药物管理规章制度的；
（三）抗菌药物临床应用管理混乱的；
（四）未按照本办法规定执行抗菌药物分级管理、医学教育网搜集|整理医师抗菌药物处方权限管理、药师抗菌药物调剂资格管理或者未配备相关专业技术人员的；
（五）其他违反本办法规定行为的。
