染色质可分为两种，一种是DNA以较松散的方式组成的真染色质，其中含有细胞中较多可表现的基因。另一种则是DNA结构较为紧密的异染色质，其中的DNA鲜少被转录。异染色质又可分为两种，一种称为“选择性”异染色质，含有的基因在特定种类细胞或特定发育阶段才会表现；另一种称为“永久性”异染色质，内含一些染色体构成物，例如端粒或着丝粒。染色质在分裂间期会分别组织在各自的领域中，这些领域称为“染色体区域”。主要存在于真染色质内的可作用基因，倾向于靠近在染色质区域的边缘地带。
可与特定染色质结构，尤其是与核小体结合的一些抗体，与一些自体免疫疾病，如系统性红斑狼疮有关。医学教育|网搜集这些抗体称为抗核抗体（ANA），已知与一部分发生于多发性硬化症中的全身性免疫系统失调有关。在早衰症中，抗体在导致自体免疫疾病症状上的影响并不显著。
