一、衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于支原体、衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。支原体、衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
二、泌尿生殖道感染支原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎医|学教育网搜集整理，女性主要为非淋菌泌尿生殖道炎。男性表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，部分病人无症状。
三、当人体感染衣原体后，产生特异性的免疫，但是这种免疫力较弱，持续时间短暂，因此，支原体、衣原体感染容易造成持续，反复感染，以及隐性感染。细胞免疫方面，大部分活动性已治愈的衣原体患者，给予相应的抗原皮内注射时，常引起迟发型变态反应。这种变态反应可用淋巴细胞进行被动转移。
