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衣原体基因组大小在1.04Mb~1.23Mb之间。其中沙眼衣原体D血清型基因组1.04Mb,G+C占41.3%,另有1个7493bp的质粒。整个基因组有894个编码蛋白的基因,存在特别强的DNA修复和重组系统,未发现前噬菌体基因。
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