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根据抗原构造、包涵体性质和对磺胺敏感性，衣原体可分为沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体三个种。沙眼衣原体有三个生物变种即沙眼生物变种、性病淋巴肉芽肿生物和鼠生物变种医|学教育网搜集整理。其中沙眼生物变种有A、B、C、D、J、K、等血清型，性病淋巴肉芽肿生物变种有L1、L2、L3、L2a、四个血清。用单克隆抗体识别鹦鹉热衣原抗原可分为4个血清型。肺炎衣原体只有1个血清型。
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