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急性血吸虫病需注意与伤寒，阿米巴肝脓肿等鉴别，疫水接触史，血象中嗜酸性粒细胞明显增高具有重要鉴别意义，粪便血吸虫病原学检查阳性可明确本病。
慢性血吸虫病腹泻、便血者应注意与阿米巴痢疾，慢性菌痢鉴别，肝脾肿大型应注意与无黄疸型病毒性肝炎鉴别。医学教育|网搜集结合粪便镜检，毛蚴孵化试验，直肠粘膜活检及免疫学检查多可明确。
晚期血吸虫病需注意与其他原因引起的肝硬化鉴别。本病常有慢性腹泻、便血病史，伴巨脾，肝功能损害一般较轻，黄疸，蜘蛛痣与肝掌较少见，结合反复病原学检查与免疫学检查方可鉴别。
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