蒙族医药是以蒙古民族长期同疾病作斗争中所积累的传统医疗实践经验为基础，吸收藏医及印度医学的部分基本理论和汉族医学的知识，在朴素的唯物论和自发的辩证法思想影响和指导下，逐步形成的独特的民族医学，它把人体看作是一个对立统一的有机整体，从宏观的角度来研究人体动态的各种内在联系，从而阐明生命运动的基本规律。在临床上，它主要采取综合、分析和判断的方法对疾病进行诊治。
蒙医药理论体系的显著特点是：以阴阳五元学说哲学思想为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论把引起疾病的主要原因归纳为“赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫”等六种。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。
蒙医理论明确指出，发病本身的内在条件是指三根七素，即内因，致病因素指外界因素，即外缘。在正常情况下，三根七素各有特点，自具其能，密切联系，共同担负着人体正常生理功能活动，保持对立统一的相对平衡状态。这是人体健康的基本原因。在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰等反常状态而失去平衡时，就产生疾病，这是病理活动的基本原因。三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。对于人体生理功能和病理机制，均以三根的生成变化为理论根据。近代蒙医将发病的根源归纳为赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫6种，它是疾病发生的内因，并由此引起的疾病称为六基症。
一、生理
蒙医认为，人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程，内部消化系统，外部言听视行，都不是孤立进行的，必须在三根七素的作用下，人体脏腑之间、脏腑与体表之间的生命活动彼此协调，相互制约，才能维持人体内环境的相对平衡，如某一部分发生病变，就会影响到其他部分以至整体，引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。所以在医疗疾病过程中，不能只看表面现象，而要辨证地进行全身的综合分析才能得出正确的诊断。人和自然界也是相互对立统一的，人体通过感受器官和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化，必然对人体产生影响。在正常的情况下，通过人体内部三根的调节，使与自然环境的变化相适应，保持正常的生理功能。
二、病理
病理包括病因、疾病的外因、发病、六基症和寒热症等内容。蒙医认为三根（赫依、希拉、巴达于）之间出现偏盛偏衰；或三根与七素之间的平衡失调，相互为害；或由于某种外因，人体内外环境的相对平衡状态受破坏，就会发生疾病。蒙医在临床上根据这一理论和原理解释各种致病因素的性质、特点和所致病症的临床表现。所以“扶正”与“祛邪”是人体战胜疾病、恢复健康的重要措施。
三、阴阳、五元、五行学说
（一）阴阳学说
阴阳是我国古代用以解释自然界一切事物相互对立而又统一的朴素的唯物论和自发的辩证法思想。据蒙古古代史料及许多文学艺术著作记载，古代蒙古人称苍穹为“父天”，称地球为“母地”。这是蒙古民族中形成的阴阳概念。蒙医药理论是在对自然界有了这种认识的基础上发展起来的。在《内经》《四部医典》《饮膳正要》等书中，有古代蒙古人善于用热性疗法治疗寒症的记载，如“蒙古灸”；用寒性疗法治疗热症，如“冷敷”和“酸马奶疗法”等。到16世纪末，阴阳学说成为蒙医学理论体系的重要组成部分。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，世界本身是阴阳对立统一的结果，宇宙间的任何事物都包含着阴阳相互对立的两个方面。如白昼和黑夜，晴天与阴天，热与冷，动与静。一般他说，凡是活动的、上升的、明显的、进行的、无形的、轻清的、功能亢进的或属于功能方面的都属于阳；而凡是静止的、下降的、隐晦的、退行性的、有形的、重浊的、功能衰退的或属于物质方面的都属于阴。从事物的运动变化来看，当事物处于沉静状态时便属阴，处于躁动状态时便属阳。由此可见阴阳既可代表两个相互对立的事物，也可代表同一事物内部所存在的相互对立的两个方面。事物的阴阳属性并不是绝对不变的，而是相对的，是根据一定的条件来决定的。蒙医认为，宇宙间的任何事物都可以概括为阴和阳两类，任何一种事物的内部又可分为阴、阳两个方面。而每一事物中阴或阳的任何一方，还可以再分阴阳，以至无穷。阴阳两个方面，既是对立的，又是相互依存的，任何一方都不能脱离另一方面而单独存在。阴阳之间是相互依存，相互消长的，每一方都以另一方为存在条件，二者在一定条件下也可以互相转化。当阴阳两者不断地变化，发展到一定阶段，阴可以转化为阳，阳可以转化为阴。阴阳之间相互对立、依存、消长、转化几方面的关系，是阴阳学说的基本内容，这些内容不是孤立的，而是相互联系、互相影响、互为因果的。蒙医学运用阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化和探求药物性能，并广泛用于疾病的诊断和治疗，以及确定治疗原则等方面。
（二）五元学说
五元学说（即土、水、火、气、空）很早被应用于古代印度医学。据文献记载。于14世纪初经西藏传播到蒙古地区。在蒙医学理论中，对构成人体的“三根”、“七要素”和生理、病理、诊断、治疗原则、四施（药物、外治、饮食、起居）等的解释，都以五元学说为理论指导医学教育|网搜集整理。因此，五元学说是蒙医学理论体系的纲要。它把事物按照不同的性质、作用与形态，分别归属于土、水、火、气、空五元素。例如：土元素的性质为硬、强、重，以气味为主，具备味、色、感、声等性能，为一切物质的本基，对物质有重、稳的功能；水元素性质为湿、润，以味为主，具备感、声等性能，对物质有滋养、湿润的功能；火元素性质为热，以色为主，具备感、声等性能，对物质有成熟，溶解、烧灼的功能；气元素性质为轻、动，以感为主，具有感、声两种性能，对物质有轻、动、发的功能；空元素性质是空、虚，只有声一种性能，为物质的存在、增长、运动的空间，具有间隔的功能。
蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素密切相关。阴阳五行学说在蒙医学生理、病理和临床治疗等各方面都成为其所遵循的基本理论基础。
五元素（土、水、火、气、空）与三根（赫依、希拉、巴达干）五脏六腑的关系：三根中巴达于属土水、五脏脾、六腑胃属五元素的土，五脏肾、六腑膀胱属五元素的水；三根希拉属火，五脏肝、六腑胆属于五元素的火；三根赫依属气，五脏肺，六腑大肠属于气；循环属于空；五脏心、六腑小肠属于空。
（三）五行学说
五行是以五种物质（木、火、土、金、水）的性能代表多种事物的属性，并以此说明事物之间的制约和生克关系，属于一种归类推演的方法。在蒙医学中，借五行以说明人体生理、病理及其与外在环境的相互关系等，从而进行辨证论治，达到预防和治疗的目的。
五行学说传播到蒙古地区比较早，从16世纪开始就应用于蒙医脉诊。五行学说在理论上和蒙医学的“赫依、希拉、巴达干”还不能完全结合。五行在蒙医脉诊中的应用遵循四季、五行、脏腑与脉象的相互关系；春夏秋冬及四个土旺期共为五时，即春属木，命脉为肝；夏属火，命脉为心；秋属金，命脉为肺；冬属水，命脉为肾。每季末的18天，计72天则为脾土脉旺盛运行之时，蒙医五行的变化规律，具体地解释人体生理和病理现象，并指导临床诊断与治疗。
四、三根学说
人体赖依生存的生命活动的三种能量和基本物质“赫依、希拉、巴达干”，简称为三根。蒙医学古籍中记载：“人胚在演化过程中随其形态的变化，初成脉由其脐部分出三根。一根上行形成脑。巴达干依属于脑，存在于身体的上部。另一根伸向中路，形成命脉。希拉依属于命脉与血，故存在于身体的中部。另一支向下延伸，形成密处。赫依属于密处，存在于身体的下部。”根据三支脉的不同走向及所在部位，把人体分成上、中、下三个部分，即心脏以上为巴达干部位，心至脐部为希拉部位，脐部以下为赫依部位。人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程，内而消化循环，外而视听言行，都不是孤立进行的，还有内脏与内脏之间，内脏与体表组织器官之间的有机联系，都是三很作用的结果。因此，三根是生命赖以生存的基本物质。在正常情况下，三根之间互相依存、互相制约，处于相对平衡状态，故人体功能得以正常运转。这是正常三根的生理作用。如果三者之间任何一方出现偏盛偏衰，致使平衡失调时，将引起反常变化，导致疾病的发生医学教育|网搜集整理。因此，三根不仅表现在正常的生理活动中，同样也表现在异常的病理变化中。概括起来讲：一方面三根是维持人体生命的主要物质，另一方面又是导致人体患病的内在因素。三根各有不同的特性，这些不同特性，在生理、病理方面也反映不同的特点。三根各有五种类型，各寓于人体内相应的脏腑及器官，各有其不同职能，并相互作用，共同维持生命活动。
赫依——在人体正常生理活动中，具有维持生命活动推进血液运行、呼吸、分解食物、新陈代谢、增强体力、支配肢体和意识活动、接种传代等作用。并且也是保持希拉、巴达干两根相对平衡的调节者，也是人体维持健康和延年益寿的引导者。如果赫依本身失去平衡状态时，就会导致病变。赫依具有以轻、涩为主的凉、微、坚、动等六种特性。
希拉——为人体正常生理活动的热能，具有产生热量和调节体温、促进消化吸收、促进营养七精华也称七要素之成熟等功能。它以巴达干为自己存在的前提，与其保持相对平衡状态。如果希拉本身失去平衡状态时，就导致病变。希拉具有以热、锐为主的轻、臭、泻、湿、腻等七种特性。
巴达干——在人体正常生理过程中，巴达干起滋生、调节体温、滋养正精，增强意识、延年益寿、坚固骨节的作用。并以希拉为自己存在的前提，与其保持相对平衡状态。如果巴达干本身失去平衡状态，就会导致病变。巴达干具有的重、寒为主的腻、钝、软、固、粘等七种特性。三根是人体生存的主导因素，也是产生疾病的内在因素。人体的生理功能和病理机制都是以三者的平衡与变化为理论依据的。
三根之间处于相对平衡或失调，即指“赫依、希拉、巴达干”20种特性的相对平衡或失调而言。赫依以“空、气”属性为主，是推动人体生命功能和力量的渊源。希拉的“火、热”属性为主，是推动脏腑及七种精华（食物精华、血液、肉、脂肪、骨、骨髓、精液）进行机能活动的热能和物质基础。巴达干以“湿、水”属性为主，是人体消化食物，调节体液机能和内分泌物质的能源。
蒙医的基础理论非常严密医学教育|网搜集整理。三根是主要支柱，五元、六味、八性、十七功能就比较具体。如五元，蒙医认为世上的物质虽包罗万象，但均由五个元素（土、水、火、气、空）和合而成。“六味”是指药物而言，也是由五种元素在物体形成或植物成长过程中所形成，“八性”是指重、腻、寒、钝、轻、糙、热、锐等八种，具有调节病因所致的异常状态，使之趋于正常的作用。十七功能指蒙医认为如掌握了上述理论，有助于在临床上针对不同病情而选择适宜的药物进行有效的治疗，也有利于对某些药物的潜在功能作进一步的探索研究。治疗疾病的过程，就是调整“三根”使它趋于平衡的过程。这些理论由实践而来，又指导着临床实践，并在实践中不断发展提高。
五、七素三秽
构成人体和维持生命活动的七种基本物质——食物精华、血液、肉、脂肪、骨，髓、精液统称为七要素，简称七素；三种主要排泄物——粪、尿、汗称为三秽。七素为三根赖依生存的物质基础，以保身体发育成长。七素三秽的吸收、排泄运动过程是不可分割的一个整体，是人体进行新陈代谢的过程，共同维持人体正常生理功能。
六、脉道
《四部医典》里记载：“人体血脉可分初成脉、依存脉、连接脉、寿脉四种”。初成脉分出三岔；依存脉有四种；连接脉有黑白二种；寿脉有三条。这些脉道与气血运行，与体内外的一切孔窍相连，身体才能生长发育。人体长久存在，它是身体的根本。
