蒙古族人民中流传着这样一句民间谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补、强身、防病、治病的作用。这是古代蒙古人从长期的生活实践中总结出来的饮食疗法的前身，在《蒙古秘史》中也有这方面的记载。

在药物学方面，蒙医药家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法和用药法等。同时还吸收了西藏。印度等地区和兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药物学理论不断完善和发展。在17～18世纪涌现出很多著名的药物学家、方剂学家和蒙药著作。如伊希巴拉珠尔撰写的《认药白晶药鉴》一书就是内容比较丰富的蒙药学著作；18世纪药物学家罗布桑苏勒和木撰写了《认药学》四部书，即《珠宝、土、石类认药学》《木、汤、滋补类认药学》《草类认药学》《盐、灰、动物类认药学》，主要阐述了药物的形态，为认药、采药和研究药物提供了依据。 蒙医治疗强调“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“调理三根”和“因人、因时、因地制宜”等治疗原则。

蒙医认为：疾病是在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰、失去相对平衡的情况下产生的，只有保持三根互相协调，才能维持人体正常的生理功能，身体方能健壮无病。因此，治疗一切疾病的过程，实际上就是调整赫依、希拉、巴达干三者，使之趋于平衡的过程。

其中，内科疾病多以内服药为主，同时配合外治放血、薰蒸、冷热敷、湿药浴、银针等多种疗法。临床过程中，要注意在正确区分不同的体质特征（包括赫依型、希拉型、巴达干型及聚合型四种），仔细辨别疾病的诱发因素（包括饮食、起居、时令和突发因素等四种），认真分析病因病机（包括赫依、希拉、巴达干、血、黄水、粘虫六因，也称六基症）和疾病性质（概括为寒热两类）的基础上，根据具体病种的不同特点，分清主次，采用不同的治疗原则和治疗方法医学教育|网搜集整理。同时，要密切注意和防止疾病的转化，如瘟热病尚未成熟时，要注意防止转化为空虚热；治疗毒热症与包如病时，要注意防止其转化为陈热病，巴达干病与希拉病治疗，要注意防止其转化为隐伏热症等等；要特别注意不要被疾病的假象所蒙蔽，诊断要正确，误诊要及时纠正，而后确立治则治法和投药，如：毒症，包如病、陈热三种疾病，其症状极易相混，如诊断不清，就会造成治疗误差，而不能获得根本的疗效。

总之，蒙医治疗疾病一般采取以药物、外治、饮食起居等多种疗法相结合综合性治疗手段。