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无芽非金属厌氧菌为人体正常菌群，属于条件致病菌，其感染为内源性感染，故缺乏特异有效的预防方法。外科清创引流是预防厌氧菌感染的一个重要措施。
大多数无芽胞厌氧菌对青霉素、氯霉素、氯林可霉素、头孢菌素敏感，均可用于治疗，而对氨基糖甙类抗生素不敏感，对四环素亦大多耐药。脆弱类杆菌能产生β-内酰胺酶，破坏青霉素和头孢菌素，故对此类药物耐药，在治疗时须注意。应选氯霉素和氯林可霉素。此外，灭滴灵对厌氧感染也有很好的疗效。由于厌氧菌常与其他需氧或兼性菌混合感染，在选用药物时应有全面考虑，二者兼顾。
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