08年西医综合考试的试卷结构的变化非常明显，由07年的基础医学专业试卷中基础医学占60%，临床医学占40%的比例和临床医学专业试卷基础医学占40%，临床医学占60%的比例调整为不再区分专业，基础医学和临床医学各占50%的比例。

其中，基础医学中生理学约占20%，生物化学约占15%，病理学约占15%；临床医学中内科学约占30%，外科学约占20%。（以上所指比例均为占整个试卷分数的比重）

西医综合试题仍分为A、B、X题型，但各题型所占比重发生变化：

其中，A型题由07年占比为75%调整为08年的65%，B型题由07年占比为12%调整为08年的15%，X型题由07年占比为13%调整为08年的20%。

分值的变化也很明显：

07年，前150题，每小题1.6分，共240分；151—180题和181—210题，每小题2分，各为60分。

08年，1—90题，每小题1.5分，共135分；91—120题，每小题2分，共60分；121—150题，每小题1.5分，共45分；151—180题，每小题2分，共60分。