刺灸施术时所选择的腧穴都有确切的位置，要求术者必须熟悉腧穴局部解剖特点，除以刺血络、刺筋骨为目的的特殊刺法外，都应避开要害部位，以免刺伤内脏，或是重要血管筋骨等处。 这在《素问·刺禁论》（脏有要害，不可不察。刺跗上中大脉，血出不止死。刺郄中大脉，令人仆脱色。刺臂太阴脉出血，多立死。）及《素问·诊要经终论》（凡刺胸腹者，必避五脏。）中，都有论述。
特殊部位的腧穴：在针刺特殊部位的腧穴（后项部内为延髓，不可深刺。胸腹和腰背部，必须掌握分寸，严禁深刺。大血管附近的腧穴，操作时要慎重，如邻近动脉的委中、箕门、气冲、曲泽、经渠、冲阳等。乳中、脐中和小儿囟门部位也不宜针刺。）时,应严格掌握针刺的深浅、进针的角度。
禁刺的腧穴：历代文献记载很多，都是古人在医疗实践中不断总结相传下来的，有的具有普遍性，有的仅为偶然性。分析禁针和禁深刺的缘由，大多与腧穴所在部位禁忌有关，凡所涉及的穴位，关键在于操作时小心谨慎，要熟悉掌握各腧穴部位的解剖特点，古人有关腧穴禁忌的理论，现代仍有不可忽视的重要意义。
禁灸的部位：除临床常用禁灸部位之外，历代文献中关于禁灸穴位很多，亦应予以重视。
