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药物在和生物大分子作用时，一般是通过键合的形式进行结合，这种键合形式有共价键和非共价键两大类。
(1)共价键键合类型
共价键键合类型是一种不可逆的结合形式，和发生的有机合成反应相类似。共价键键合类型多发生在化学治疗药物的作用机制上，例如烷化剂类抗肿瘤药物，对DNA中鸟嘌呤碱基产生共价结合键，产生细胞毒活性。
(2)非共价键键合类型
键合类型 | 代表基团 | 代表药物 |
范德华力 | 范德华引力来自于分子间暂时偶极产生的相互吸引 | 局部麻醉药普鲁卡因与受体的作用。 |
氢键 | O、N、S、C等原子，如：羰基、羟基、巯基、氨基，甚至有些还是带有电荷的基团。 | 碳酸、磺酰胺和碳酸酐酶结合。
水杨酸甲酯形成分子内氢键 |
疏水键 | 药物结构中非极性链部分和生物大分子中非极性链部分相互作用 | |
电荷转移复合物 | 富p电子的烯烃、炔烃或芳环，或含有弱酸性质子的化合物 | 抗疟药氯喹 |
离子-偶极和偶极-偶极相互作用 | 如碳原子和N、O、S、卤素等成键 | 乙酰胆碱和受体的作用 |
氢键是有机化学中最常见的一种非共价作用形式，也是药物和生物大分子作用的最基本化学键合形式。范德华引力是非共价键键合方式中最弱的一种。
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