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发病机制尚不清楚。目前认为主要与SARS病毒诱导机体免疫损伤有关。病毒在侵入机体后，早期可出现病毒血症，引起机体细胞免疫受损，出现异常免疫反应，造成肺部损害。SARS病毒对肺部损害是否有直接的作用仍有待确定。肺部的病理改变表现为以弥漫性肺泡损伤、间质性肺炎病变为主，有肺水肿及透明膜形成。病程3 周后有肺泡内机化以及肺间质纤维化，造成肺泡纤维闭塞，可见小血管内微血栓和肺出血，散在的小叶性肺炎，肺泡上皮脱落、增生等病变。
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