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主管药师考试科目分为：“基础知识”、“专业知识”、“相关专业知识”、“专业实践能力”等4个科目。
各个科目所涉及的考试内容如下：
基础知识包括：生理学、病理生理学、生物化学、微生物学、天然药化、药物化学、药物分析
专业知识包括：药理学
相关专业知识包括：药剂学、药事管理
专业实践能力包括：医院药学综合知识与技能（总论）、医院药学综合知识与技能（各论）
