自有医院以来就存在着医院感染问题，但是，从科学上来认识医院感染以及减少医院感染发生的必要性，乃是近代科学在发展过程中逐步认识，逐步深入和解决的。医院感染的历史可概括为三个阶段：
细菌学时代以前，19世纪以前，人们认为创伤后发生的化脓性感染是不可避免的，因为当时人们还没有认识到自然界中的微生物，无法采取预防对策。比如霍姆斯于1843年发现了产褥热，当时在欧洲是人所共知的一种及其危险的疾病。医院曾因它而被称为“死亡场所”。
细菌学时代以后，19世纪以后，人们逐步认识了微生物，英国外科医师利斯特首先阐明了细菌与感染之间的关系，并提出消毒的概念医学教育|网搜集整理。法国微生物学家巴斯德在显微镜下发现了空气中的微生物，并采用加热消毒等方法来减少他们的数量，从而控制感染。不久后产生了无菌技术，以后又开始了蒸汽消毒器灭菌时代。
抗生素时代，1928年，英国弗莱明发现了青霉素，并于40年代制造成功，从此进入了抗生素时代，青霉素在预防和治疗感染上起到了特殊效果，引起了医务人员极大的反响，但同时削弱了医院对灭菌技术的重视。直到70年代，医务人员又把注意力转向无菌技术上来，并且与抗生素应用相结合，正在有效的解决感染与医院感染问题。
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