抗原的分类是公卫执业医师会涉及到的知识点，医学教育|网搜集整理，请参考。
（1）异种抗原
异种抗原来自另一物种的抗原性物质称之为异种抗原，如病原微生物及其产物，均为异种抗原。微生物的结构虽然简单，但其化学组成却相当复杂，都有较强的免疫原性。临床上用以治疗的动物免疫血清，如马血清抗毒素有其两重性：一是特异性抗体，可中和其毒性作用；另一是异种抗原，可刺激机体产生抗马血清抗体，因而可导致变态反应的发生。
（2）同种异型抗原
同种异型抗原在同一种属不同个体之间所存在的抗原称同种异型抗原。医学教育网搜集|整理常见的人类同种异型抗原有血型（红细胞）抗原和组织相容性抗原。
（3）自身抗原
在正常情况下，机体对自身组织细胞不会产生免疫应答，即自身耐受。但是在感染、外伤、服用某些药物等影响下，使隔离抗原释放，或改变和修饰了自身组织的抗原结构，诱发对自身抗原的应答。
（4）异嗜性抗原
最初是由Forssman发现，故又名Forssman抗原。实际上是指一类与种属无关的存在于人、动物、植物和微生物之间的共同抗原。例如，溶血性链球菌与肾小球基底膜及心肌组织有共同抗原存在，故在链球菌感染后，有可能出现肾小球肾炎或心肌炎。
