《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”即是说，由于阴阳失调是疾病发生、发展的基本病机，因此，调理阴阳，补偏救弊，创造条件，使其失调的阴阳关系向着协调的方面转化，在新的基础上，恢复阴阳的相对平衡，即是中医临床治疗的基本原则。
由于疾病表现不一，本质不同，故其治疗方法亦多种多样，中医临床根据协调阴阳的精神，提出了“寒者热之”、“热者寒之”、“虚则补之”、“实则泻之”（《素问·至真要大论》），以及“阳病治阴，阴病治阳”（《素问·阴阳应象大论》）等众多的治疗法则。
总之，治疗的基本原则，就是有余者泻，不足者补，从而使阴阳的偏盛偏衰得以纠正，使之在新的基础上达到恢复阴阳相对平衡之目的。医学教育网搜集整理
同样，在归纳药物的性味功能上，阴阳亦具有重要的意义，并可作为指导临床用药的依据。药物的四气、五味，以及升降浮沉等一般性能，都具有阴阳的不同属性。所以，临床用药必须注意病证阴阳与药物阴阳之关系，正确运用药物的阴阳性能，以改善或调整机体失调的阴阳关系，从而达到治疗的目的。
