流感病毒在病毒分类学上属正粘病毒科。它的基因组是分节段的（甲，乙型毒株含8个节段，而丙型仅含7个节段，少一个编码神经氨酸酶蛋白的节段），单链，负链的RNA.甲，乙型毒株基因组至少分别编码10和11种蛋白。由于基因组是分节段的，故易产生同型不同株间基因重配。流感病毒，尤其人甲型流感病毒HA基因能经常不断的发生点突变，导致其编码的HA蛋白分子上氨基酸序列发生替换，造成其抗原性经常不断的发生漂移，每次抗原性漂移常带来不同程度的流感流行。
根据病毒粒核蛋白（NP）和膜蛋白（MP）抗原特性及其基因特性不同，把流感病毒分为甲，乙，丙三型。甲型流感病毒根据其表面血凝素（H）和神经氨酸酶（N）蛋白结构及其基因特性又可分成许多亚型，至今甲型流感病毒已发现的血凝素有15个亚型（H1-15），神经氨酸酶有9个亚型（N1-9）。
