痰涂片结核菌检查是发现传染性肺结核、观察治疗效果、评价结核病是否治愈的主要依据。初诊的肺结核可疑症状者要进行3次痰涂片检查，以提高涂片阳性的检出率。不论是涂片阳性还是涂片阴性的活动性肺结核病人，在治疗强化期末和疗程结束前均应进行痰涂片复查，每次复查也应进行2次痰涂片检查。为确保痰涂片检查结果的准确性和可靠性，在进行痰涂片检查的各个环节要注意保证质量。在病人无痰时可用高渗盐水雾化吸入引痰，可提高痰菌检出率；儿童大多不会咳嗽留痰而常吞咽入胃，故可抽清晨胃液或呕吐物查菌。
尽管痰结核菌培养不是作为传染源诊断的主要方法，但结果可信度高，并能做结核菌药敏试验。所以当病人痰涂片检查阴性，需要进一步进行鉴别诊断时，如果痰培养阳性能确诊为肺结核病人。还有一些病人经抗结核药物治疗失败需要进行结核菌的菌型鉴定和药敏性试验时也必须进行痰培养。目前痰培养有许多方法，传统的改良罗氏培养基培养方法需要4～8周才能报告结果。目前像Bactec等快速培养法可使时间缩短至5～7天报告结果，也可作药敏试验。
