在体内，免疫系统的功能和效应必然会受其他系统影响，其中最重要的是神经-内分泌系统对免疫系统的调节作用。例如，精神紧张和心理压力可加速、加重疾病进程；内分泌失调可影响和制约疾病发生发展。
1.神经、内分泌系统免疫系统的调节
神经-内分泌系统对免疫系统的调节作用主要通过神经纤维、神经递质和激素介导。胸腺、骨髓等中枢免疫器官和脾脏、淋巴结等外周免疫器官均受交感或副交感神经支配，二类植物神经分别抑制和增强免疫细胞的发育、成熟及效应。免疫细胞表面及胞内均表达多种神经递质和激素受体，神经-内分泌系统产生、释放和分泌的神经递质（如肾上腺素、多巴胺、胆碱、5-羟色胺等）以及激素（如胰岛素、生长激素、性激素等）均可作用于这些受体，从而发挥正相或负相免疫调节作用。
2.免疫系统对神经、内分泌系统的调节
抗原刺激机体免疫系统产生免疫应答的同时，可产生多种生物活性分子（如IL-2、IL-6、TNF-α、IEN-γ等），它们可作用于神经、内分泌系统，传导相关信息，影响和调节神经、内分泌系统功能。例如：IL-2可抑制Ach释放；TNF-α可促进星形胶质细胞表达脑啡吠；IL-1受体广泛分布于中区神经系统；许多细胞因子可通过与相应受体结合而上调或下调激素合成。
