1.克隆清除
处于未成熟阶段的T或B细胞克隆和特异的抗原物质相互作用可能被清除。自身反应T细胞克隆的清除可能是机体对自身抗原长期耐受的主要原因。在胸腺内发育的T细胞通过表面受体与胸腺巨噬细胞或树突状细胞表达的自身抗原-MHC分子复合物作用而被清除，这一过程被称为胸腺内阴性选择。
2.克隆无能
（1）T细胞克隆无能
T细胞的激活需双信号，任何一个信号缺乏都可导致T细胞克隆对相应的抗原不发生免疫应答，处于克隆无能状态。
（2）B细胞克隆无能
低浓度多价抗原与未成熟的B淋巴细胞结合或B细胞表面抗原受体被广泛交联都可使B细胞处于特异的不应答状态。只表达膜表面IgM的幼稚B细胞和低浓度多价抗原接触后发育受阻，从而丧失对相应抗原的应答能力。大量的T1抗原可交联B细胞表面的抗原受体使其处于耐受状态。
