1.沙眼衣原体
人类其主要自然宿主。沙眼衣原体可分为三个亚种，即沙眼亚种、性病淋巴肉芽肿亚种和鼠亚种。
（1）沙眼亚种：沙眼亚种的A、B、Ba和C血清型引起沙眼；D-K血清型引起性传播的非淋菌性泌尿生殖道感染。另外，沙眼亚种还可引起包涵体结膜炎和婴儿沙眼衣原体肺炎。
（2）性病淋巴肉芽肿亚种：人是性病淋巴肉芽衣原体的自然宿主，无动物储存宿主，主要通过性接触在人类传播。
（3）鼠亚种：不侵犯人类。
2.肺炎衣原体
只有一个血清型，即TWAR株。感染系人与人之间经飞沫或呼吸道分泌物传播。TWAR株引起肺炎、支气管炎等，可能还与冠状动脉粥样硬化有关。
