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紫外线杀菌的原理为使细菌DNA链上相邻的嘧啶碱基形成嘧啶二聚体，从而干扰DNA正常碱基配对。电离辐射则能破坏DNA，导致细菌死亡或突变。紫外线杀菌的有效波长为260～270mm，最佳波长为265～266mm，其特点是穿透力差，故仅适于直射物品表面消毒及空气消毒。
用物理阻留的方法将液体或空气中细菌除去，以达到无菌目的。滤过除菌法主要用于一些不耐高温灭菌的血清、毒素、抗生素以及空气等的除菌。
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