饮用水中有毒化学物质污染带给人们的健康危害与微生物污染不同。一般而言，微生物污染可造成传染病的暴发，而化学物质引起健康问题往往是由于长期接触所致的有害作用，特别是蓄积性毒物和致癌物质的危害。只有在极特殊的情况下，才会发生大量化学物质污染而引起急性中毒。
为保障饮用水的安全，确定化学物质在饮用水中的最大允许限值，也就是最大允许浓度是十分必要的。依据化学物质的毒性、在饮用水中含有的浓度和检出频率以及是否具有充分依据来确定限值等条件确定的。在我国《生活饮用水卫生标准》中，共选择15项化学物质指标，包括氟化物、氯化物、砷、硒、汞、镉、铬（六价）、铅、银、硝酸盐、氯仿、四氯化碳、苯并（а）芘、滴滴涕、六六六。这些物质的限值都是依据毒理学研究和人群流行病学调查所获得的资料而制定的。
