流行性斑疹伤寒的病原体为普氏立克次体（R.Prowazeki），它是一种革兰氏染色阴性细菌，宽0.3～0.6微米，长0.7～2.0微米。其外形呈多形性，有球杆状、短杆状、亚铃形、念珠状等，念珠状最长可达4.0微米。普氏立克次体用一般染色法不容易着色，用姬姆尼茨（Gimnez）染色法，立克次体染成红色，杂菌和背景染成兰绿色。普氏立克次体和其它细菌一样，呈二分裂繁殖。
地方性斑疹伤寒病原体为莫氏立克次体（R.Mooseri）。其形态、大小、结构、化学组成、繁殖方式及生物学特性均与普氏立克次体基本相同。只是莫氏立克次体毒力较小，感染发病的症状较轻，自然病死率很低。较少出现多形性，基本形态为杆状及亚铃形。
