α-葡糖苷酶抑制剂量最常见的不良作用是胃肠道副作用，如腹部不适、胀气、排气、腹泻等。一般随治疗的延长，副作用会渐渐消失；如副作用较为严重，可适当加用胃动力药，如吗叮啉或普瑞博思。
有明显胃肠功能紊乱或严重疝气者，以及孕期和哺乳期妇女不宜使用。
单用α-葡糖苷酶抑制剂不会出现低血糖，但在和磺脲类口服降糖药或胰岛素合用时也会出现低血糖，由于肠道内α-葡糖苷酶已被抑制，蔗糖等双糖及淀粉等不能迅速吸收，因此，出现低血糖时应口服或静脉注射葡萄糖。
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