EV71是小RNA病毒科，肠道病毒属成员。病毒基因组为单股正链RNA。病毒粒子的衣壳由60个亚单位构成，根据病毒衣壳蛋白VP1核苷酸序列的差异，可将EV71分为A、B、C 3个基因型，其中B型和C型又进一步分为B1、B2、B3、B4以及C1和C2亚型。
EV71感染可在同一家庭多成员中传播，成人症状一般较轻，而患儿发病中，并发症和死亡率较高。关于病毒毒力的机制未明，有研究结果显示，EV71毒力决定簇在基因组中并非单一位点，病毒的毒力是多个位点共同作用决定的；另一方面，复杂的宿主因素，如宿主抵抗力水平的差异以及宿主对肠道病毒属内的不同病毒存在免疫交叉保护反应等对病毒的毒力也有影响。
