生殖器疱疹在男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体、尿道口、阴囊、大腿和臂部等处。女性多在阴唇、阴阜、阴蒂、肛周及阴道发生，约90％同时侵犯子宫颈，出现阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。也可累及直肠粘膜。常伴有淋巴结肿大压痛。大多数男女病人双侧腹股沟淋巴结肿大。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留等现象。此外，还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。此病女性多于男性，症状也较男性严重。在发病人中约10%有咽炎，10%男性与26%女性的原发性生殖器疱疹病人同时伴有生殖器以外的病损，主要在臂部与手指，常见生殖器出现疱疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接种而致。
在患有生殖器疱疹的病人中，男性同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染，其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎。临床表现为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。
