生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒（HSV），单纯疱疹病毒，是一种DNA病毒，人类是单纯疱疹病毒的唯一自然宿主。单纯疱疹病毒可分为Ⅰ型（HSV-1）及Ⅱ型（HSV-2）两种。两者的抗原性不同，即说明它们的结构不同，所产生的抗体也是不同的，所以患口角疱疹的患者并不能对生殖器疱疹有免疫性。
HSV-1主要引起口唇部疱疹（俗称热疮），然而HSV-2主要引起生殖器疱疹，但两者也可交叉。90％的生殖器疱疹病例由HSV-2型感染引起，只有10％患者是由HSV-1型感染引起。由HSV-1型引起的生殖器疱疹症状较轻，易于治疗。
