副猪嗜血杆菌为格兰氏阴性菌，非溶血性，NAD依赖型细菌。副猪嗜血杆菌属变形菌门γ-变形菌纲巴斯德氏菌目巴斯德氏菌科嗜血杆菌属。
副猪嗜血杆菌有多种不同形态的细菌，无鞭毛，无芽胞，新分离的致病菌有荚膜。在巧克力培养基和金色葡萄球菌共同培养时，会在金色葡萄球菌菌苔附近呈卫星生长，菌落直径达1～2毫米。
此病原菌与猪嗜血杆菌（Haemophilus suis）十分相似，但猪嗜血杆菌在生长过程中需要X因子（血红素及其它卟啉类物质）和V因子（烟酰胺腺嘌呤二核苷酸，NAD），而副猪嗜血杆菌只需要V因子。拉丁名中的“para”表示微生物生长不需要补充X因子。
副猪嗜血杆菌对外界抵抗力不强。干燥环境易死亡，60℃可存活5～20分钟，4℃可存活7～10天。常用消毒药可将其杀死。副猪嗜血杆菌对结晶紫、杆菌肽、红霉素、林可霉素、土霉素、卡那霉素、磺胺类等药物敏感。
