产生外毒素的病原菌，主要有破伤风梭菌（Clostridium tetani）、肉毒梭菌（Clostridium botulinum）、产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）、白喉棒状杆菌（Corynebacterium diphtheriae）、A群链球菌、金黄色葡萄球菌等。痢疾志贺菌（Shigella dysenteriae）、鼠疫耶氏菌（Yersinia pestis）、霍乱弧菌（Vibrio cholerae）、肠产毒素型大肠埃希氏菌、铜绿假单胞菌等也能产生外毒素。大多数外毒素是产毒菌进行新陈代谢过程中在细胞内合成后分泌到菌体外的，外毒素这一名称就是这样得来的。但也有少数外毒素合成后保存在体内，等菌死亡溶溃后才释放至周围环境中的，痢疾志贺菌和肠产毒素型大肠埃希氏菌的外毒素就属于这种类型。
