小肠壁具有管状器官的四层结构:粘膜、粘膜下层、肌层、外层。小肠粘膜和粘膜下组织向肠腔内突出形成许多环形或螺旋形皱襞,叫做环皱襞,空肠者高而密,回肠者则较低且略稀疏。环皱襞上还生有许多绒毛状小突起,叫做小肠绒毛。环皱襞和绒毛增大了肠粘膜的表面积,以利于小肠的消化和吸收。粘膜内有许多淋巴小结,突向粘膜表面,数个淋巴小结集聚形成孤立淋巴滤泡,约米粒大,分布于全小肠。在回肠末端20-30个淋巴小结聚集形成集合淋巴滤泡,叫做Peyer板,既向肠腔粘膜表面突出,又向粘膜下层侵入,多排列在系膜缘的对侧,是肠伤寒的易侵部位。