鉴于新酶的不断发展和过去文献中对酶命名的混乱，国际酶学委员会规定了一套系统的命名法，使一种酶只有一种名称。它包括酶的系统命名和4个数字分类的酶编号。例如对催化下列反应酶的命名。
ATP+D—葡萄糖→ADP+D—葡萄糖-6-磷酸
该酶的正式系统命名是：ATP：葡萄糖磷酸转移酶，表示该酶催化从ATP中转移一个磷酸到葡萄糖分子上的反应。它的分类数字是：E.C.2.7.1.1，E.C代表按国际酶学委员会规定的命名，第1个数字（2）代表酶的分类名称（转移酶类），第2个数字（7）代表亚类（磷酸转移酶类），第3个数字（1）代表亚亚类（以羟基作为受体的磷酸转移酶类），第4个数字（1）代表该酶在亚-亚类中的排号（D葡萄糖作为磷酸基的受体）。
