水体受到生物性污染后最常见的危害是居民通过饮用、接触等途径而引起介水传染病的暴发流行，对人体健康造成危害。这类疾病包括霍乱、伤寒、痢疾、肝炎等肠道传染病及血吸虫病、贾第虫病等寄生虫病以及钩端螺旋体病等。水体生物性污染主要来源于人畜粪便和生活污水的排放。
在富营养化水体中藻类大量繁殖聚集成团块，漂浮于水面影响水的感官性状。有些藻类能产生毒素如麻痹性贝毒、腹泻性贝毒、神经性贝毒等，而贝类能富集此类毒素，人食用了毒化的贝类后可发生中毒甚至死亡。藻类毒素一旦进入水中，一般供水净化处理和家庭煮沸不能使之全部失活。
致病性微生物的水污染在发展中国家是水污染的突出问题，值得高度重视。
