流行病学研究中病因推断的基本过程可简单地归结为这样一条主线：形成病因假设→假设检验→病因推断，它可以细分为以下几个主要步骤：
1.通过流行病学调查（描述性研究）并结合可能利用的临床资料和一些背景资料，研究者可以发现一些新的病因线索。
2.用病例对照的研究方法对可疑致病因素进行筛选，形成初步病因假设。
3.根据重复性原则，可进行多次病例对照研究，并尽可能多地收集其他生物学上的证据，如动物试验、致病机制、常规或特殊化验检验等，以强化已经形成的病因假设。
4.用队列研究、干预试验等研究方法对病因假设进行检验。
5.根据上述各种研究结果对病因是否成立进行综合性的逻辑判断，至此整个病因推断过程基本上结束。
